Sus estudios universitarios los realizó en la Facultad de Medicina de Buenos Aires doctorándose en 1884, a los 26 años de edad, con una Tesis titulada “Esclerodermia. Lesión trófica”.
Para perfeccionarse viaja a Europa; permanece allí cinco años entre Alemania y Francia. Asistió al desarrollo de la bacteriología con Roberto Koch y de la anatomía patológica con Rodolfo Virchow; en París trabaja y se perfecciona con Luis Pasteur.
Regresa a Buenos Aires en 1889 y se hace cargo como médico Jefe de la Sala I del Hospital San Roque (hoy Ramos Mejía). En 1891 hasta 1894 conservando su cargo de médico del Hospital San Roque gana por concurso la Dirección del Laboratorio Bacteriológico de la Asistencia Pública de Buenos Aires. En este laboratorio, en 1894 preparó el primer suero antidiftérico argentino que se usó en Buenos Aires y que tenía mayor acción antitóxica que el preparado por Emil von Behring, en Berlín a principios de 1893, y por Roux, en París.
En 1895 Méndez fundó con Julio Lemos un Laboratorio de Antitoxinas emprendiendo el estudio del carbunco. Dos años más tarde el 3 de octubre de 1897, anunció el descubrimiento de una vacuna anticarbuncosa original para uso veterinario de características similares a la preparada por Pasteur
Vacante la Cátedra, por fallecimiento del Dr González del Solar, el Poder Ejecutivo de la Nación nombra, de acuerdo con la terna elevada por la Academia, al Dr Enrique Revilla, el 5 de Octubre de 1902, y por renuncia de éste se nombra al Dr Julio Méndez el 22 de Junio de 1903. Desde la llegada de Méndez, acompañado de su distinguido colaborador y Jefe de Trabajos Prácticos Felipe Justo, la enseñanza de la higiene cambia de orientación, completándola decidida y positivamente, con trabajos prácticos y de investigación.
En virtud de la renuncia de Méndez, presentada en Octubre 19 de 1905, asume la Cátedra de Higiene el Profesor Ricardo Schatz, quien ampliando la obra de su antecesor, enseño la materia con excelente método y preparación. Méndez incursiona también en el campo de la política universitaria. Fue uno de los rebeldes de la reforma de 1905 y en ese año renunció a la Cátedra de Higiene. Junto con Avelino Gutiérrez y Nicolás Repetto encabezó el movimiento tendiente a llevar a la Cátedra de Clínica Quirúrgica a Juan Bautista Justo. En 1918 siendo Decano de la Facultad de Medicina renunció por oponerse al examen de ingreso que se quería imponer.
Fue el primer Presidente de la Sociedad Argentina de Patología Infecciosa y Epidemiología en la que figuraba como sus fundadores; Miembro Correspondiente de la Real Academia de Medicina de Madrid; Profesor Honorario de la Universidad de Córdoba; Profesor Honorario de la Universidad de La Plata; Profesor Honorario de la Universidad del Litoral; Presidente en 1890 del Círculo Médico Argentino; Presidente de la Sociedad de Biología de la Sociedad Científica Argentina. Entre 1912 y 1913 fue Presidente de la Asociación Médica Argentina.
Muere el 8 de agosto de 1947.
Muere el 8 de agosto de 1947.