Florentino Ameghino nació en la villa de Luján, de la provincia de Buenos Aires, el 18 de septiembre de 1854. Hijo de don Antonio Ameghino y de doña María Dina Armanino, sus dos hermanos, Juan y Carlos, le ayudaron y asistieron en sus trabajos en muchas ocasiones, y sobre todo este último, tan modesto como eficaz colaborador, proporcionóle gran cantidad de material de investigación, conseguido en largas y penosas exploraciones. Don Carlos Ameghino llegó a ser también un sabio en la materia aunque no pueda compararse, naturalmente, con Florentino.
Su propia madre enseño a éste las primeras letras, luego entró en la escuela particular de un tal don Guillermo, quién a los pocos meses se presentó a la casa diciendo que nada tenía ya que enseñar al niño Florentino. Su precocidad encantó también al nuevo maestro, Carlos D´Aste, que lo fue hasta 1867. D´Aste lo trajo a la capital, a su propia casa, y lo hizo ingresar a la Escuela Normal. Sus estudios allí sólo duraron un año, porque la escuela se cerró. Pero él había aprovechado bien el tiempo visitando al Museo de Historia Natural y leyendo a Burmeister y a Lyell, que le descubrieron su verdadero camino. A los veinte años de edad encuentra los restos fósiles completos de un milodón. Por primera vez se hacía el hallazgo y aunque el autor no pasaba de ser un modesto “ayudante” en una escuela común de varones del pueblo de Mercedes, naturalmente, empieza a hacerse conocer. Al año siguiente ya publicaba dos artículos en dos diarios locales y lograba insertar otro en el “Journal de Zoologie”, revista parisiense. Obtenía además un premio en la primer exposición de la Sociedad Científica de Buenos Aires y presentaba a la misma dos memorias que, aunque no fueron tenidas en cuenta en aquel momento, albergaban el germen de su futura obra monumental.
En 1877 publicaba su primer libro, Antigüedades indias de la Banca Oriental, cosecha de una corta excursión por el Uruguay el verano anterior. En 1879 se dilata por fin el horizonte: tiene una destacada actuación en el Congreso de Americanistas, en Bruselas, frente a sabios de relieve mundial. Se hizo oír y admirar y desde allí empezó a tender las redes de sus relaciones científicas, que muy pronto se multiplicaron, con eminencias como Quatrefagues, Mortillet, Schmidt, Gervais (en cuya colaboración hizo algunas excavaciones y llegó a escribir un trabajo), Sergi, Morselli, Cope y tantos otros. La estancia en Europa fue muy fecunda para la formación intelectual como para su fama de sabio, que, a partir de entonces se extendido por el viejo mundo y los Estados Unidos, Con la venta de algunas de las colecciones consiguió dinero par editar dos de sus libros, La formación pampeana y La antigüedad del hombre en el Plata. Volvió a la patria en 1881 casado con Leontina Poirier, francesa, y encontrándose exonerado de su puesto de director de la escuela de Mercedes, instaló una pequeña librería en Buenos Aires, Escribió entonces su Filogenia, obra maestra por su organización y la audacia de las doctrinas, y ella le valió ser llamado por la Universidad de Córdoba para dictar la cátedra de Historia Natural y conferirle el título de doctor honoris causa. Pasó luego a La Plata como subdirector del Museo y volvió más tarde a ser librero. Corría el 1889 cuando sus dificultades económicas le obligaron a aceptar la ayuda de Estanislao S. Zeballos para publicar otro de sus libros capitales, Contribución al conocimiento de los mamíferos fósiles de la República Argentina, premiado con medalla de oro y diploma de honor en la Exposición Universal de Paris.
En 1902, a la muerte del sabio Berg, fue llevado por el ministro Joaquín V. González, a la dirección del Museo de Historia Natural de la Nación, cargo que desempeñó por espacio de nueve años. Esto no cambio en nada la modestia de su vida, ni siquiera le hizo le hizo abandonar su refugio platense. Dedicóse concienzudamente a cuidar y enriquecer las colecciones del Museo como hiciera antes con las propias, introduciendo nuevas clasificaciones e incluso iluminando, a la luz de su ciencia, piezas que hasta entonces estuvieron abandonadas u olvidadas. Al promediar el año 1908 pierde sucesivamente, y en el corto plazo de dos meses, la madre, la esposa y uno de los mejores amigos, don Justo Martínez, El dolor inmenso de estas pérdidas prodújole, primero, una gran depresión moral, que se resolvió luego en la diabetes que había de llevarlo a la tumba. A fines de ese mismo año asistió, en compañía de Spegazzini, al IV Congreso Científico Latino Americano, reunido en Santiago de Chile. Realizaron también algunas excursiones durante las cuales aquél empezó a notar en su compañero los primeros síntomas de la diabetes, pro sin conseguir que Ameghino se atendiera. De vuelta al país Dedicóse afiebradamente a preparar el congreso que se reuniría en Buenos Aires el año 10, sin dejar de lado sus otras atenciones ni su producción. Inútil fue que sus familiares y amigos se empeñaran en curarlo, siguió firme en la brecha trabajando denodadamente hasta que le fue de todo punto posible abandonar la cama. El 8 de mayo de 1911 se negó rotundamente a ser trasladado a un sanatorio de la capital según se había dispuesto. Aún postrado siguió escribiendo, dictando o corrigiendo las pruebas de la versión al francés de uno de sus libros. Bueno es recordar que desde joven escribía indistintamente en castellano o en francés, con la misma perfección.
Dominaba también el italiano. Poseía una formidable cultura, asistida de espléndida memoria y verdadero fervor por alimentarla. Incansable trabajador, dejó una obra enorme cuya enumeración alcanza a 176 títulos, que no tienen, naturalmente, todos igual valor. Sus trabajos más importantes, fuera de los arriba mencionados, son: Los mamíferos fósiles de la América meridional, Enuméeration synoptique des espéces des mammiféres fósiles des formations éeocénes de la Patagonie, Sur l´évolution des dents des mammiféres. La perforación astragaliana en los mamíferos no es un carácter originariamente primitivo, en cuanto a paleontología se refiere. Encierran ellos el aporte del descubrimiento, descripción, estudio y clasificación de nada menos que mil especies nuevas. Y si esto no bastara ara su gloria, tenemos aún sus grandes contribuciones a los problemas geológicos y paleogeográficos como Les formations sedimentairs du crétase supérieur y du tertiaire de Patagonie y Las formaciones sedimentarias de la región litoral de Mar del Plata y Chapadmalal. Su apasionante obra de antropólogo, la más discutida de todas. Que cuenta, sin embargo, con grandes autoridades mundiales en su abono, está incluida en parte en algunos de sus libros más importantes y el resto corre inserto en los “Anales del Museo Nacional de Buenos Aires” y la serie de Memorias presentadas al “Congreso Científico Internacional Americano” de 1910.
También en lo moral su vida es un ejemplo prístino. Tenía un alma transparente de niño y una ingénita bondad. Vivió al margen de todo halago vanidoso en medio de una gran modestia. No escatimó su ayuda generosa a los jóvenes que se iniciaban en las ciencias y evacuaba prolijamente cuantas consultas se le hacían, aún a riesgo de interrumpir el hilo de las propias investigaciones.
Ameghino murió en La Plata, el 6 de agosto de 1911. Su entierro fue grandioso, teniendo en cuenta lo alejado que estuvo siempre de las esferas oficiales. Todo el mundo intelectual se hizo presente y al depositar sus testos en el Panteón de los maestros, hicieron uso de la palabra eminentes personalidades como E. Homberg, Victor Mercante, J. B. Ambrosetti, José Ingenieros y otros.